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Les scientifiques commencent à déterminer lesquels sont importants.

Covid 19 06 05 2020

(CONVERSATION) - Lorsque certaines personnes sont infectées par le coronavirus, elles ne développent que des cas bénins ou indétectables de COVID-19. D'autres souffrent de symptômes graves, luttant pour respirer sur un respirateur pendant des semaines, si elles survivent.

Malgré un effort scientifique mondial concerté, les médecins ne savent toujours pas exactement pourquoi il en est ainsi.

Les différences génétiques pourraient-elles expliquer les différences que nous constatons dans les symptômes et la gravité des cas de COVID-19 ?

Pour le vérifier, nous avons utilisé des modèles informatiques pour analyser les variations génétiques connues au sein du système immunitaire humain. Les résultats de notre modélisation suggèrent qu'il existe en fait des différences dans l'ADN des personnes qui pourraient influencer leur capacité à répondre à une infection par le COVID-2 du SRAS.

Ce que nous avons fait

Lorsqu'un virus infecte des cellules humaines, le corps réagit en mettant en marche ce qui est essentiellement un système d'alarme anti-virus. Ces alarmes identifient les envahisseurs viraux et disent au système immunitaire d'envoyer des cellules T cytotoxiques - un type de globules blancs - pour détruire les cellules infectées et, espérons-le, ralentir l'infection.

Mais tous les systèmes d'alarme ne sont pas créés égaux. Les gens ont différentes versions des mêmes gènes - appelés allèles - et certains de ces allèles sont plus sensibles à certains virus ou agents pathogènes que d'autres.

Pour vérifier si les différents allèles de ce système d'alarme pourraient expliquer une partie de la gamme des réponses immunitaires au SRAS-CoV-2, nous avons d'abord récupéré une liste de toutes les protéines qui composent le coronavirus dans une base de données en ligne.

Nous avons ensuite pris cette liste et utilisé des algorithmes informatiques existants pour prédire dans quelle mesure les différentes versions du système d'alarme antiviral détectent ces protéines du coronavirus.

HLA 06 05 2020
Modèle d'une protéine HLA (verte et jaune) liée à un morceau de virus (orange et bleu) - dans ce cas,
la grippe. Réimage des prototypes via Wikimedia Commons, CC BY-SA

Pourquoi c'est important

La partie du système d'alarme que nous avons testée est appelée le système d'antigène leucocytaire humain, ou HLA. Chaque personne possède de multiples allèles des gènes qui constituent son type HLA. Chaque allèle code pour une protéine HLA différente. Ces protéines sont les capteurs du système d'alarme et trouvent les intrus en se liant à divers peptides - des chaînes d'acides aminés qui constituent des parties du coronavirus - qui sont étrangers au corps.

Une fois qu'une protéine HLA se lie à un virus ou à un morceau de virus, elle transporte l'intrus à la surface de la cellule. Cela "marque" la cellule comme étant infectée et, de là, le système immunitaire va tuer la cellule.

En général, plus il y a de peptides d'un virus que les HLA d'une personne peuvent détecter, plus la réponse immunitaire est forte. Pensez-y comme un capteur plus sensible du système d'alarme.

Les résultats de notre modélisation prédisent que certains types de HLA se lient à un grand nombre de peptides du CoV-2 du SRAS alors que d'autres se lient à très peu de peptides. Autrement dit, certains capteurs pourraient être mieux adaptés au SARS-CoV-2 que d'autres. Si c'est le cas, les allèles HLA spécifiques dont dispose une personne seraient probablement un facteur dans l'efficacité de sa réponse immunitaire à COVID-19.

Comme notre étude n'a utilisé qu'un modèle informatique pour faire ces prédictions, nous avons décidé de tester les résultats en utilisant les informations cliniques de l'épidémie de SRAS de 2002-2004.

Nous avons constaté des similitudes dans l'efficacité des allèles à identifier le SRAS et le COV-2. Si un allèle HLA semblait être mauvais pour reconnaître le CoV-2 du SRAS, il était également mauvais pour reconnaître le SRAS. Notre analyse a prédit qu'un allèle, appelé B46:01, est particulièrement mauvais en ce qui concerne le SRAS-CoV-2 et le SRAS-CoV. Il est certain que des études antérieures ont montré que les personnes possédant cet allèle avaient tendance à avoir des infections plus graves par le SRAS et des charges virales plus élevées que les personnes possédant d'autres versions du gène HLA.

HLA 2
La partie de l'ADN qui code pour les HLA se trouve sur le sixième
chromosome. Pdeitiker at English Wikipedia / Wikipedia, CC BY

Quelle est la prochaine étape ?

D'après notre étude, nous pensons que la variation des gènes HLA explique en partie les énormes différences de gravité de l'infection chez de nombreux patients atteints du COVID-19. Ces différences entre les gènes HLA ne sont probablement pas le seul facteur génétique qui influe sur la gravité de l'infection par COVID-19, mais elles pourraient constituer une pièce importante du puzzle. Il est important d'étudier plus avant comment les types HLA peuvent cliniquement affecter la sévérité du COVID-19 et de tester ces prédictions en utilisant des cas réels. Comprendre comment la variation des types HLA peut affecter l'évolution clinique de COVID-19 pourrait aider à identifier les individus les plus à risque de la maladie.

À notre connaissance, il s'agit de la première étude à évaluer la relation entre les protéines virales sur un large éventail d'allèles HLA. Actuellement, nous en savons très peu sur la relation entre de nombreux autres virus et le type HLA. En théorie, nous pourrions répéter cette analyse pour mieux comprendre les risques génétiques de nombreux virus qui infectent actuellement ou pourraient potentiellement infecter l'homme.

La Conversation / Creative Commons

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Source : Themindunleashed.com

 

Information complémentaire :

Crashdebug.fr : Covid-19 : l’hypothèse du rôle central du récepteur nicotinique de l’acétylcholine et ses implications préventives et thérapeutiques (APHP)

 

 

 

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