Samedi, nous avons rapporté que le Dr Li-Meng Yan - une virologiste chinoise (MD, PhD) qui a fui le pays, quittant son travail dans une prestigieuse université de Hong Kong - est apparue la semaine dernière à la télévision britannique où elle a affirmé que le SRAS-CoV-2, le virus qui cause la COVID-19, a été créé par des scientifiques chinois dans un laboratoire.
Update 29.10.2020 : Et si le SARS-CoV-2 avait été fabriqué en laboratoire ? Hypothèse hautement concevable selon Alexandra Henrion-Caude (Lesmoutonsenrages.fr)
Dimanche, Li-Meng a rejoint Twitter - et lundi, il y a quelques heures à peine, elle a tweeté un lien vers un article qu'elle a co-écrit avec trois autres scientifiques chinois et qui s'intitule :
Caractéristiques inhabituelles du génome du SRAS-CoV-2 suggérant une modification sophistiquée en laboratoire plutôt qu'une évolution naturelle et une délimitation de sa voie de synthèse probable
— Dr. Li-Meng YAN (@LiMengYAN119) September 14, 2020
Elle a également affiché un lien vers ses références sur ResearchGate, révélant son affiliation (antérieure ?) à l'Université de Hong Kong et 13 publications qui ont été citées 557 fois.
— Dr. Li-Meng YAN (@LiMengYAN119) September 14, 2020
Allons droit au but :
"Les preuves montrent que le SRAS CoV-2 devrait être un produit de laboratoire créé en utilisant les coronavirus de chauve-souris ZC45 et/ou ZXC21 comme modèle et/ou épine dorsale. Sur la base de ces preuves, nous postulons en outre une voie synthétique pour le SARS-CoV-2, démontrant que la création en laboratoire de ce coronavirus est pratique et peut être réalisée en six mois environ.
Voici la phrase clé :
Le motif de liaison au récepteur du pic du SARS-CoV-2 ne peut pas être issu de la nature et aurait dû être créé par génie génétique.
Les protéines du Spike décorent l'extérieur des particules de coronavirus. Elles jouent un rôle important dans l'infection car elles servent de médiateur dans l'interaction avec les récepteurs des cellules hôtes et aident ainsi à déterminer la gamme d'hôtes et le tropisme tissulaire du virus. La protéine Spike est divisée en deux moitiés (figure 3). La moitié avant ou N-terminale est appelée S1, qui est entièrement responsable de la liaison avec le récepteur de l'hôte. Dans les deux infections par le SRAS-CoV et le SRAS-CoV-2, le récepteur de la cellule hôte est le hACE2. Au sein de S1, un segment d'environ 70 acides aminés qui entre en contact direct avec le hACE2 et est appelé en conséquence le motif de liaison au récepteur (RBM) (figure 3C). Dans le cas du SRAS-CoV et du SRAS-CoV-2, le RBM détermine entièrement l'interaction avec le hACE2. La moitié C-terminale de la protéine Spike est appelée S2. La fonction principale de S2 est de maintenir la formation de trimère et, lors des clivages successifs de la protéase à la jonction S1/S2 et à une position S2' en aval, de médier la fusion de la membrane pour permettre l'entrée cellulaire du virus.
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Comme ce qui est observé pour d'autres protéines virales, S2 de SARS-CoV-2 partage une identité de séquence élevée (95%) avec S2 de ZC45/ZXC21. En revanche, entre SARS-CoV-2 et ZC45/ZXC21, la protéine S1, qui dicte l'hôte (humain ou chauve-souris) que le virus peut infecter, est beaucoup moins conservée, l'identité de séquence des acides aminés n'étant que de 69%.
La figure 4 montre l'alignement de la séquence des protéines Spike de six coronavirus β. Deux sont des virus isolés de la pandémie actuelle (Wuhan-Hu-1, 2019-nCoV_USA-AZ1) ; deux sont les virus modèles suspectés (Bat_CoV_ZC45, Bat_CoV_ZXC21) ; deux sont des coronavirus du SRAS (SARS_GZ02, SARS). Le RBM est mis en évidence entre deux lignes orange. Il est clair que, malgré l'identité de séquence élevée pour l'ensemble des génomes, le RBM du SARS-CoV-2 diffère sensiblement de ceux du ZC45 et du ZXC21. Il est intriguant de constater que le RBM du CoV-2 ressemble beaucoup à celui du SARS Spike. Bien qu'il ne s'agisse pas d'un "copier-coller" exact, un examen attentif des structures du Spike-hACE237,38 révèle que tous les résidus essentiels à la liaison du hACE2 ou au pliage des protéines (bâtonnets orange dans la figure 3C et ce qui est mis en évidence par des lignes courtes rouges dans la figure 4) sont "conservés".
La plupart de ces résidus essentiels sont précisément préservés, y compris ceux impliqués dans la formation des liaisons disulfure (C467, C474) et les interactions électrostatiques (R444, E452, R453, D454), qui sont essentielles pour l'intégrité structurelle du RBM (figures 3C et 4). Les quelques changements au sein du groupe des résidus essentiels sont presque exclusivement des "substitutions" hydrophobes (I428àL, L443àF, F460àY, L472àF, Y484àQ), qui ne devraient pas affecter le repliement des protéines ni l'interaction hACE2. Dans le même temps, la majorité des résidus d'acides aminés non essentiels ont "muté" (figure 4, résidus RBM non marqués par de courtes lignes rouges). À en juger par cette seule analyse de séquence, nous avons été convaincus très tôt que non seulement la protéine SARS-CoV-2 Spike se lierait à l'hACE2, mais aussi que la liaison ressemblerait précisément à celle entre la protéine SARS Spike originale et l'hACE223. Des travaux structurels récents ont confirmé notre prévision.
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Comme expliqué ci-dessous, la façon dont la méthode de gestion des risques liés au SRAS-CoV-2 ressemble à la méthode de gestion des risques liés au SRAS-CoV et le schéma général de conservation des séquences entre le SRAS-CoV-2 et le ZC45/ZXC21 sont très inhabituels. Collectivement, cela suggère que des parties du génome du CoV-2 du SRAS n'ont pas été dérivées de l'évolution naturelle de particules virales quasi-espèces.
L'article fait ensuite deux observations critiques pour ceux qui affirment que le CoV-2 du SRAS a une origine naturelle : son RBM n'a pu être acquis que par l'une des deux voies possibles : 1) un événement de recombinaison ancien suivi d'une évolution convergente ou 2) un événement de recombinaison naturelle qui s'est produit assez récemment.
Elle rejette d'abord l'option 1 :
"ce processus d'évolution convergente entraînerait également l'accumulation d'une grande quantité de mutations dans d'autres parties du génome, rendant l'identité de la séquence globale relativement faible. L'identité de séquence élevée entre SARS-CoV-2 et ZC45/ZXC21 sur diverses protéines (94-100% d'identité) ne soutient pas ce scénario et, par conséquent, indique clairement que SARS-CoV- 2 portant un tel RBM ne peut pas provenir d'un coronavirus de chauve-souris de type ZC45/ZXC21 par cette voie d'évolution convergente".
Elle rejette ensuite l'option 2 :
Dans le second scénario, le coronavirus de type ZC45/ZXC21 aurait dû se recombiner récemment et échanger son RBM avec un autre coronavirus qui s'était adapté avec succès pour lier un animal ACE2 hautement homologue à l'hACE2. La probabilité d'un tel événement dépend, en partie, des exigences générales de la recombinaison naturelle : 1) que les deux virus différents partagent une similarité de séquence significative ; 2) qu'ils doivent co-infecter et être présents dans la même cellule du même animal ; 3) que le virus recombinant ne soit pas éliminé par l'hôte ou ne fasse pas disparaître l'hôte ; 4) que le virus recombinant doive finalement devenir stable et transmissible au sein de l'espèce hôte.
En ce qui concerne ce récent scénario de recombinaison, le réservoir animal ne pourrait pas être constitué de chauves-souris car les protéines ACE2 des chauves-souris ne sont pas suffisamment homologues à l'hACE2 et l'adaptation ne pourrait donc pas produire une séquence RBM comme celle du SRAS-CoV-2. Ce réservoir animal ne pourrait pas non plus être l'homme car le coronavirus de type ZC45/ZXC21 ne pourrait pas infecter l'homme. En outre, il n'existe aucune preuve qu'un virus du SRAS-CoV-2 ou de type SRAS-CoV-2 circulait dans la population humaine avant la fin de l'année 2019. Il est intéressant de noter que, selon une étude bioinformatique récente, le CoV-2 du SRAS était bien adapté à l'homme depuis le début de l'épidémie.
Ce qui ne laisse qu'une seule option :
Il ne reste qu'une seule autre possibilité d'évolution naturelle, à savoir que le virus de type ZC45/ZXC21 et un coronavirus contenant un RBM de type SRAS ont pu se recombiner dans un hôte intermédiaire où la protéine ACE2 est homologue à l'hACE2. Plusieurs laboratoires ont signalé que certains des pangolins de la Sunda introduits clandestinement en Chine depuis la Malaisie étaient porteurs de coronavirus dont le domaine de liaison aux récepteurs (RBD) est presque identique à celui du CoV-227-29,31 du SRAS. Ils ont ensuite suggéré que les pangolins sont l'hôte intermédiaire probable du SRAS-CoV-227-29,31. Cependant, des rapports indépendants récents ont trouvé des failles importantes dans ces données40-42. En outre, contrairement à ces rapports27-29,31, aucun coronavirus n'a été détecté dans les échantillons de pangolin de la région de Sunda prélevés pendant plus d'une décennie en Malaisie et à Sabah entre 2009 et 2019 Une étude récente a également montré que le RBD, qui est partagé entre le CoV-2 du SRAS et les coronavirus du pangolin signalés, se lie au hACE2 dix fois plus fortement qu'au ACE22 du pangolin, ce qui écarte encore davantage les pangolins comme hôte intermédiaire possible. Enfin, une étude in silico, tout en faisant écho à l'idée que les pangolines ne sont probablement pas un hôte intermédiaire, a également indiqué qu'aucune des protéines animales ACE2 examinées dans leur étude ne présentait un potentiel de liaison à la protéine de pointe du SRAS-CoV-2 plus favorable que celui de l'hACE2. Cette dernière étude a pratiquement exempté tous les animaux de leur rôle présumé d'hôte intermédiaire, ce qui est cohérent avec l'observation selon laquelle le SRAS-CoV-2 était bien adapté à l'homme dès le début de l'épidémie. Ceci est significatif car ces résultats suggèrent collectivement qu'il ne semble pas exister d'hôte intermédiaire pour le CoV-2 du SRAS, ce qui diminue à tout le moins la possibilité qu'un événement recombinant se produise chez un hôte intermédiaire.
Avance rapide vers le pistolet fumant :
Étant donné que la méthode RBM impose une liaison hACE2 complète et que la liaison RBM-hACE2 du SRAS était entièrement caractérisée par des structures à haute résolution (figure 3)37,38 , cet échange exclusivement RBM ne serait pas plus risqué que l'échange complet Spike. En fait, la faisabilité de cette stratégie d'échange RBM a été prouvée. En 2008, le groupe du Dr Zhengli Shi a échangé un RBM du SRAS contre les protéines Spike de plusieurs coronavirus de chauve-souris similaires au SRAS après avoir introduit un site de restriction dans un gène Spike optimisé par les codons (figure 5C). Ils ont ensuite validé la liaison des protéines Spike chimériques résultantes avec le hACE2. En outre, dans une publication récente, le RBM du SARS-CoV-2 a été échangé contre le domaine de liaison au récepteur (RBD) du SARSCoV, ce qui a donné un RBD chimérique entièrement fonctionnel pour la liaison du hACE2 (figure 5C)39. De manière frappante, dans les deux cas, les segments de RBM manipulés ressemblent presque exactement au RBM défini par les positions des sites EcoRI et BstEII (figure 5C). Bien que les détails du clonage manquent dans les deux publications 39,47 , il est concevable que les sites de restriction réels puissent varier en fonction du gène de pointe recevant l'insertion de RBM ainsi que de la commodité d'introduire un ou plusieurs sites de restriction uniques dans les régions d'intérêt. Il convient de noter que l'auteur correspondant de cette récente publication, le Dr Fang Li, est un collaborateur actif du Dr Zhengli Shi depuis 2010 49-53. Le Dr Li a été la première personne au monde à avoir élucidé structurellement la liaison entre la DBR du SRAS-CoV et le hACE238 et a été le principal expert dans la compréhension structurelle des interactions entre le pic et le hACE2. La découverte frappante des sites de restriction EcoRI et BstEII aux deux extrémités de la RBM du SRAS-CoV-2, respectivement, et le fait que la même région de RBM ait été échangée à la fois par le Dr Shi et par son collaborateur de longue date, respectivement, en utilisant des méthodes de digestion par enzymes de restriction sont peu probables. Il s'agit plutôt de la preuve irréfutable que le RBM/Spike du SARS-CoV-2 est un produit de manipulation génétique".
Et ce n'est pas tout, car les scientifiques chinois ont ensuite présumément tenté de brouiller les pistes :
Bien qu'il puisse être pratique de copier la séquence exacte de la RBM du SRAS, ce serait un signe trop clair de conception artificielle et de manipulation. L'approche la plus trompeuse consisterait à modifier quelques résidus non essentiels, tout en préservant ceux qui sont essentiels pour la liaison. Cette conception pourrait être bien guidée par les structures à haute résolution (figure 3) 37,38. De cette façon, lorsque la séquence globale du RBM semblerait plus distincte de celle du RBM du SRAS, la capacité de liaison du hACE2 serait bien préservée. Nous pensons que tous les résidus cruciaux (résidus marqués de bâtonnets rouges dans la figure 4, qui sont les mêmes résidus que ceux représentés par les bâtonnets dans la figure 3C) auraient dû être "conservés". Comme décrit précédemment, alors que certains devraient être conservés directement, d'autres auraient dû être remplacés par des résidus aux propriétés similaires, qui ne perturberaient pas la liaison avec le hACE2 et pourraient même renforcer davantage l'association [ZH : c'est-à-dire que le virus a été militarisé et amélioré]. Il est important de noter que les changements ont pu être effectués intentionnellement sur des sites non essentiels, ce qui rend le processus moins "copier-coller" que le mécanisme de gestion du SRAS.
Yan évoque également le tristement célèbre site de clivage de la furine :
... un examen approfondi de la séquence nucléotidique du site de clivage de la furine dans le pic du SRAS-CoV-2 a révélé que les deux résidus Arg consécutifs dans la séquence insérée (-ARRP-) sont tous deux codés par le rare codon CGG (codon le moins utilisé pour Arg dans le SRAS-CoV-2) (Figure 7).
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En fait, cet arrangement CGGCGG est le seul cas trouvé dans le génome du SRAS-CoV-2 où ce codon rare est utilisé en tandem. Cette observation suggère fortement que ce site de clivage de la furine devrait être le résultat d'une ingénierie génétique. Pour ajouter à la suspicion, un site de restriction FauI est formulé par les choix de codons ici, ce qui suggère la possibilité que le polymorphisme de longueur de fragment de restriction, une technique que maîtrise un laboratoire de la WIV, pourrait avoir été impliqué. Le modèle de fragmentation résultant de la digestion FauI pourrait alors être utilisé pour surveiller la préservation du site de clivage de la furine chez Spike, car ce site est susceptible de subir des délétions in vitro. Plus précisément, on pourrait effectuer une RT-PCR sur le gène de Spike des virus récupérés à partir de cultures cellulaires ou d'animaux de laboratoire, dont le produit serait soumis à la digestion FauI. Les virus conservant ou perdant le site de clivage de la furine produiraient alors des modèles distincts, permettant de suivre facilement le(s) virus d'intérêt.
Autre allégation critique : une fois de plus, les chercheurs de Wuhan faisaient tout ce qui était en leur pouvoir pour armer et renforcer "l'amélioration de l'infectivité et de la pathogénicité du coronavirus fabriqué en laboratoire" :
L'ensemble des preuves suggère que le site de clivage de la furine dans la protéine du pic du SRAS-CoV-2 pourrait ne pas provenir de la nature et pourrait être le résultat d'une manipulation génétique. Le but de cette manipulation aurait pu être d'évaluer toute amélioration potentielle de l'infectivité et de la pathogénicité du coronavirus fabriqué en laboratoire.
Résumons ce qui précède :
Les preuves présentées dans cette partie révèlent que certains aspects du génome du SRAS-CoV-2 sont extrêmement difficiles à concilier avec le fait qu'ils résultent de l'évolution naturelle. La théorie alternative que nous suggérons est que le virus a pu être créé en utilisant le(s) coronavirus de chauve-souris ZC45/ZXC21 comme épine dorsale et/ou modèle. La protéine Spike, en particulier le RBM qu'elle contient, aurait dû être manipulée artificiellement, sur laquelle le virus a acquis la capacité de se lier à l'hACE2 et d'infecter les humains. Ceci est confirmé par la découverte d'un site unique de digestion par enzyme de restriction à chaque extrémité de la RBM. Un site inhabituel de clivage de la furine peut avoir été introduit et inséré à la jonction S1/S2 de la protéine Spike, ce qui contribue à la virulence et à la pathogénicité accrues du virus.
Ces transformations ont ensuite mis en scène le virus CoV-2 du SRAS pour qu'il devienne finalement un agent pathogène hautement transmissible, caché au début, mortel, dont les séquelles ne sont pas claires et massivement perturbateur.
De toute évidence, la possibilité que le CoV-2 du SRAS ait pu être créé par des manipulations de gain de fonction à la WIV est importante et doit être étudiée de manière approfondie et indépendante.
Enfin, pour ceux qui sont curieux de savoir comment le virus a pu être créé synthétiquement à Wuhan, voici un diagramme proposé par le Dr. Yan expliquant toutes les étapes nécessaires :
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Son article complet se trouve ci-dessous :
Et pour ceux qui l'ont manqué, voici l'interview de Li-Meng à la télévision britannique :
Source : Zerohedge.com
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